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HapSnap एसएनपी एलील फ्रीक्वेंसी से मानव आबादी में आम हैप्टोटाइप की गणना करता है। जीनटाइप आधारित हैप्टोटाइप अनुमान पर इसका मुख्य लाभ आणविक डेटा उत्पादन और गणना दोनों के संदर्भ में गति है । इसकी मुख्य खामी कम सटीकता है।