codonPhyML
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कोडोन्फीएमएल फिलोजेनी पुनर्निर्माण में विकास के मार्कोवियन कोडन मॉडल का उपयोग करता है। इनपुट के रूप में उनके डीएनए दृश्यों की विशेषता प्रजातियों का एक सेट को देखते हुए, codonPhyML फिलोजेनेटिक पेड़ है कि सबसे अच्छा उनके विकासवादी रिश्ते का वर्णन वापस आ जाएगा ।