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मार्शल (शॉर्ट-रीड अलाइनमेंट में अतिरिक्त संदर्भों का प्रबंधन) कम-पढ़ने वाले न्यूक्लियोटाइड सीक्वेंस एलाइनर्स को एक साथ कई संदर्भों का विश्लेषण करने में सक्षम बनाता है, जिससे संरचनात्मक भिन्नता का पता लगाने में मदद होती है।