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स्प्लिट अलाइनमेंट (पीएए) को इकट्ठा करने के कार्यक्रम का उपयोग यू यूटीआर, वैकल्पिक स्प्लिसिंग विविधताओं और पॉलीएडेनिलेशन साइटों को एनोटेट करने की प्रक्रिया में ईएआरटी और पूर्ण लंबाई वाले सीडीएनए को जीन संरचना एनोटेशन में स्वचालित रूप से शामिल करने के लिए किया जाता है।