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बीजीएसजे विभिन्न जीन पहचानकर्ताओं (जेनबैंक आईडी, यूनिजीन, स्विसप्रोट, जीन प्रतीक) का उपयोग करके आसान और इंटरैक्टिव क्वेरी के लिए अनुमति देता है, प्रत्येक कार्यात्मक श्रेणी (क्लस्टे) के लिए जीन ऑन्टोलॉजी एनोटेशन की आवृत्तियों