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विभिन्न एल्गोरिदम शामिल हैं जो इलुमिना (सोलेक्सा) जीनोम एनालाइजर, या एप्लाइड बायोसिस्टम्स ' एसओलिड सिस्टम से एक संदर्भ अनुक्रम या संदर्भ दृश्यों के एक सेट के लिए उत्पादित कम पढ़ता है।