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JAligner एफ़िन गैप पेनल्टी मॉडल के साथ जैविक स्थानीय पेयवाइज अनुक्रम संरेखण के लिए गोटोह के सुधार के साथ गतिशील प्रोग्रामिंग एल्गोरिदम स्मिथ-वाटरमैन का एक खुला स्रोत जावा कार्यान्वयन है।