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एमडीकोर एक ओपन-सोर्स लाइब्रेरी है जो आणविक गतिशीलता इंजन की मुख्य कार्यक्षमता को लागू करती है। इंजन स्वाभाविक रूप से बहु-थ्रेडेड है और मल्टी-प्रोसेसर/मल्टी-कोर शेयर्ड-मेमोरी आर्किटेक्चर पर कुशलतापूर्वक चलता है ।