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फिलोजेनेटिक रूपांकनों कई अनुक्रम संरेखण क्षेत्र हैं जो पूरे परिवार के समग्र फिलोजेनी का संरक्षण करते हैं। मिनमिनर फिलोजेनेटिक आकृति पहचान एल्गोरिदम का जावा कार्यान्वयन है।