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ऑर्थोमसीएल का स्टैंड-अलोन संस्करण पर्ल में प्रोग्राम किया जाता है, जो यूनीक्स जैसी प्रणालियों में चलता है। यह कई यूकेरियोटिक जीनोम से प्रोटीन ऑर्थोलॉग के ग्राफ क्लस्टरिंग करने के लिए मार्कोव क्लस्टरिंग एल्गोरिदम (एमसीएल) का उ