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रीफ जावा में कई आधार पुनर्संरेखण कार्यों को स्वचालित करने के लिए कमांड-लाइन उपयोगिताएं प्रदान करता है जैसे आयात विवरण उत्पन्न करना, संकुल के बीच कक्षाएं चलाना और कक्षाओं का नाम बदलना।